La performance de l'instrument est affecté par les perturbations causées par les fluctuations du champ magnétique existantes autour de la pièce où est installé l'appareil.
JEOL a développé un système innovant  d'annulation actif des champs magnétiques à la fois facile d'installation et de réglages.
Ceci peut-être combiné avec un blindage magnétique passif.

Principe de fonctionnement:
Le signal reçu par le capteur de champs magnétique est traité par le contrôleur et un courant de compensation est envoyé dans la bobine de Helmholtz (la cage).
Le champs magnétique généré par la bobine va de ce fait compenser le champs magnétique ambiant détecté par le capteur.
La dimension de la "cage" est adaptable à la taille du microscope et de la pièce.
L'annulation du champs peut se faire selon les trois axes X, Y et Z.